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Spatial Transcriptome

Spatial Transcriptome

공간전사체학(Spatial Transcriptomics)은 조직 샘플에서 유전자의 발현 정도를 해당 위치에 따라 한 눈에 볼 수 있는 획기적인 유전체 프로파일링 방법입니다.

원하는 부위에서 20,000~30,000여개 유전자의 발현량을 정량화할 수 있기 때문에 이를 활용하여 세포 활성도를 분석할 수 있으며, 알려지지 않은 세포간의 상호작용 (cell-cell interaction)을 발견하는데 적용이 가능하고 새로운 특성을 가진 세포 타입을 발견하는데 응용할 수 있습니다.

Visium

Visium 슬라이드에 직접 조직을 섹션하여 놓을 필요 없이 일반 슬라이드 위에 놓인 조직으로부터 전사체 및 단백질체
분석물질을 Visium 슬라이드로 이동이 가능합니다. 보고자 하시는 영역에 따라 2가지의 사이즈 선택이 가능합니다.

QC report 및 Space Ranger와 Loupe/Seurat 프로그램을 이용한 Gene Expression data, UMAP, t-SNE, Feature selection, Clustering heatmap, PCA, Cluster biomarkers, Trajectory inference, Cell-Cell interaction 등의 다양한 분석을 지원해드립니다.
Service Info
Library method NGS run format Data yield Number of Target cell Samples per run Capture Areas Turnaround time
10X Genomics Next
GEM technology
Nova-Seq 6000 ~50,000 reads
per spot
~5,000 cells 4 input tissue
sections
6x6mm,
10.5x10.5mm
Cell Count & QC: 7~10 Days
NGS: 4~5weeks
※ 초기 세포수, 목표 세포수, 시퀀싱 read수는 서비스 의뢰시 연구자와 상의하여 조정이 가능합니다
Workflow
Visium FFPE
Visium CytAssist
Visium FF