지니너스

Single Cell RNA Sequencing

Single Cell Sequencing

Single Cell Sequencing 서비스는 하나의 세포에서 유전자 발현량 및 유전자 변화를 분석하는 서비스 입니다. 개별 세포 단위로 분리해 RNA를 증폭하고 서열을 분석하여 해당 세포의 전사체적 특징을 분석합니다. Cellular heterogeneity, Immune profile, cellular differenctiation 등을 싱글셀 단위에서 확인이 가능하며 면역학, 줄기세포 연구 및 암 연구 등 광범위한 범위에서 활용됩니다.

지니너스는 우수한 기술력을 바탕으로 싱글셀 시장에서 발빠르게 최신장비와 기술 도입을 통해 내부 역량을 강화시켜, 최고의 서비스를 제공하고 있습니다. 앞으로도 지니너스는 독자적인 단일세포 시퀀싱 기술을 통해 암 및 각종 질환 연구에서 지금까지 해결하지 못했던 많은 문제를 해결하기 위한 최고의 솔루션을 제공할 것입니다.

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Single Cell Gene Expression(단일세포 유전자 발현)

Bulk 집단의 전사체 분석 한계를 극복하기 위해 단일세포 단위에서 전사체를 분석할 수 있는 Single Cell RNA-seq 서비스를 제공하고
있습니다. RNA 3’ 말단 영역의 정보를 읽어 세포 간 유전자 발현의 다양성과 세포 타입별 identity를 확인할 수 있습니다.

QC report와 Cell Ranger와 Loupe/Seurat 프로그램을 이용한 Gene Expression data, UMAP, t-SNE, Feature selection, Clustering heatmap, PCA, Cluster biomarkers, Cell type annotation, Trajectory inference, Cell-Cell interaction 등의 다양한 분석을 지원해드립니다.

다운로드 결과 예시 레포트

Service Info

Library method	NGS run format	Data yield++	Target cells	Turnaround time
10X Genomics Next GEM technology	Nova-Seq 6000, PE100bp	~60,000 reads(30,000 Paired Reads) per cell	~5,000 cells	- Cell Count & QC: 7~10 Days - NGS: 4~5 Weeks

※ 초기 세포수, 목표 세포수, 시퀀싱 read수는 서비스 의뢰시 연구자와 상의하여 조정이 가능합니다

Advanced Annotation

Standard 1차 : T cell / NK, NKT cell, / B cell / Myeloid cell
Standard 2차 : Naïve T cell / CD4 T cell / CD8 T cell / Plasma cell / Switched B cell
Premium : CD8 세분화(effector T, Tcm, Tem, etc), CD4 세분화(Th1, Th17, etc) 등
실험군/ 대조군의 유의미한 특징을 각 세부 클러스터별 DEG로 도출하여 결과 전달

Workflow

Single Cell Immune Profiling(단일세포 면역 프로파일링)

단일세포 단위에서 유전자 발현과 더불어 RNA 5’ 말단 영역의 정보를 읽어 면역계의 세포 이질성, T세포와 B세포의 다양성뿐만 아니라 항원 특이성을 동시에 확인할 수 있어 TCR/BCR에 대한 면역 프로파일링이 가능합니다.

QC레포트와 Cell Ranger와 Loupe/Seurat 프로그램을 이용한 Gene expression data, UMAP, t-SEN, Feature selection, Clustering heatmap, PCA, Cell type annotation, Cell type별 clonotype 판별, TCR, BCR의 Clonotype frequency, Full-length V(D)J Gene sequences와 구성 유전자, Heavy-Light chain & α-β chain pairing 등의 다양한 분석을 지원해 드립니다.

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Service Info

Library method	NGS run format	Data yield++	Target cells	Turnaround time
10X Genomics Next GEM technology	Nova-Seq 6000, PE100bp	~60,000 reads(30,000 Paired Reads) per cell	~5,000 cells	- Cell Count & QC: 7~10 Days - NGS: 4~5 Weeks

※ 초기 세포수, 목표 세포수, 시퀀싱 read수는 서비스 의뢰시 연구자와 상의하여 조정이 가능합니다

Advanced Annotation

Workflow

Single Nuclei Gene Expression(단일 핵 유전자 발현)

세포 분리가 어려운 조직이나 민감한 동결조직 세포의 핵을 분리하여 전사체를 분석합니다.

QC report와 Cell Ranger와 Loupe/Seurat 프로그램을 이용한 Gene Expression data, UMAP, t-SNE, Feature selection, Clustering heatmap, PCA, Cluster biomarkers,Trajectory inference, Cell-Cell interaction 등의 다양한 분석을 지원해드립니다.

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Service Info

Library method	NGS run format	Data yield++	Target cells	Turnaround time
10X Genomics Next GEM technology	Nova-Seq 6000, PE100bp	~60,000 reads(30,000 Paired Reads) per cell	~5,000 cells	- Cell Count & QC: 7~10 Days - NGS: 4~5 Weeks

※ 초기 세포수, 목표 세포수, 시퀀싱 read수는 서비스 의뢰시 연구자와 상의하여 조정이 가능합니다

Advanced Annotation

Single Cell Multiome(단일세포 다중체학 ATAC 염기서열분석)

단일세포에서 Chromatin assessibility와 유전자 발현을 동시에 분석합니다.

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ATAC analysis

히스톤단백질로응축된 DNA(closed chromatin)가 풀려있는(open chromatin) 상태를 분석함으로써 RNA 중합 효소(polymerase)의 접근 가능한 영역을 유추하거나 전사 인자(transcription factor) 결합부위 및 뉴클레오솜(nucleosome) 위치에 대한 정보를 얻을 수 있습니다.

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Service Info

Library method	NGS run format	Data yield++	Target cells	Turnaround time
10X Genomics Next GEM technology	Nova-Seq 6000, PE100bp	~60,000 reads(30,000 Paired Reads) per cell	~5,000 cells	- Cell Count & QC: 7~10 Days - NGS: 4~5 Weeks

※ 초기 세포수, 목표 세포수, 시퀀싱 read수는 서비스 의뢰시 연구자와 상의하여 조정이 가능합니다